Emmanuel Boutillon est ingénieur Télécom Paris Tech (1990). Il a soutenu sa thèse en 1995 (Télécom Paris Tech). De 1995 à 2000, il a été maître de conférences (encore à Télécom paris Tech), dont un séjour sabbatique d'une année (1998) à l'Université de Toronto. En 2000, il a rejoint l'Université Bretagne Sud (Lorient, France) en tant que professeur. Il a dirigé le laboratoire LESTER de 2005 ) 2007 et a été ensuite responsable du pôle CACS du Lab-STICC jusqu'en 2016. In 2011, il a effectué une année sabbatique à INICTEL-UNI, Lima (Pérou).
Ses recherches concernent l'interaction algorihtme architecture dans le domaine des communications numériques et le traitement du signal haut débit. En particulier, il travaille sur les codes correcteurs d'erreurs.